Микробиота кишечника и уробиота при циррозе печени с инфекцией мочевыводящих путей

Цель исследования: изучить различия и общность микробиоты кишечника и уробиоты при циррозе печени (ЦП) в зависимости от наличия инфекций мочевыводящих путей (ИМВП).

Материал и методы. Проведено проспективное когортное исследование 125 пациентов с ЦП, из которых 41 — без ИМВП, 22 — с бессимптомной бактериурией (ББУ), 62 — с ИМВП.

Результаты и обсуждение. При ЦП без ИМВП, с ББУ и с ИМВП различается бета-разнообразие микробиоты кишечника и уробиоты (р = 0,002 и р = 0,001). В микробиоте кишечника при ЦП без ИМВП — с ББУ — с ИМВП происходит увеличение насыщенности таксонов Pseudomonadota (1,25 [0,49; 3,15]% — 5,76 [1,34; 10,29]% — 6,40 [1,78; 31,23]%, р = 0,0003), Gammaproteobacteria (0,57 [0,05; 2,59]% — 4,06 [0,63; 7,16]% — 4,47 [0,9; 29,82]%, р = 0,0004), Bacilli (2,52 [1,28; 7,96]% — 6,75 [2,51; 15,91]% — 13,86 [3,5; 26,52]%, р = 0,006) и снижение плотности Bacteroidota (42,94 [31,77; 67,78]% без ИМВП, 25,38 [0,95; 44,58]% с ИМВП, р = 0,003). Уробиота при ЦП без ИМВП — с ББУ — с ИМВП характеризуются увеличением насыщенности таксонов Pseudomonadota (68,48 [38,7; 90,69]% — 71,57 [20,3; 88,4]% — 80,51 [8,85; 93,07]%, р = 0,029), Gammaproteobacteria (33,59 [26,5; 48,95]% — 38,95 [14,08; 78,94]% — 52,8 [5,25; 86,88]%, р = 0,004), снижением плотности Actinomycetota (2,89 [1,24; 5,59]% — 1,63 [0,22; 4,08]% — 0,5 [0,08; 3,8]%, р = 0,03), Clostridia (0,94 [0,07; 2,36]% — 0,4 [0,06; 5,98]% — 0,24 [0,03; 0,93]%, р = 0,011). Общность уробиоты и микробиоты кишечника при ЦП с ИМВП составляет от 96% на уровне отдела до 61,5% — на уровне вида.

Заключение. У пациентов с ЦП с ИМВП происходит изменение бета-разнообразия микробиоты кишечника и уробиоты, увеличивается их насыщенность патогенными таксонами (Pseudomonadota, Gammaproteobacteria, Bacilli) и снижается насыщенность комменсальными таксонами (Bacteroidota, Actinomycetota, Clostridia) по сравнению с группой без ИМВП.

1. Choi J., Thanert R., Reske K.A., Nickel K.B., Olsen M.A., Hink T. et al. Gut microbiome correlates of recurrent urinary tract infection: A longitudinal, multi-center study. EClinicalMedicine. 2024; 71:102490. DOI: 10.1016/j.eclinm.2024.102490

2. Стуров Н.В., Попов С.В., Жуков В.А. Патогенетическая роль и возможности коррекции нарушения кишечной микробиоты при инфекции мочевых путей. Антибиотики и химиотерапия. 2021;66(7–8):100–108. DOI: 10.24411/0235-2990-2021-66-7-8-100-108.

3. Малаева Е.Г. Инфекции мочевыводящих путей и микробиота. Проблемы здоровья и экологии. 2021;18(3):5–14. DOI: 10.51523/2708-6011.2021-18-3-1

4. Громова Г.Г., Верижникова Л.Н., Карпин В.А. Роль дисбактериоза кишечника в возникновении инфекции мочевых путей. Вестник СурГУ. Медицина. 2019;2(40):86–89. URL: https://cyberleninka.ru/article/n/rol-disbakterioza-kishechnika-v-vozniknovenii-infektsiimochevyh-putey (дата обращения: 15.09.2025).

5. Iqbal Z.S., Halkjær S.I., Ghathian K.S.A., Heintz J.E., Petersen A.M. The role of the gut microbiome in urinary tract infec tions: a narrative review. Nutrients. 2024;16(21):3615. DOI: 10.3390/nu16213615

6. Малаева Е.Г., Стома И.О., Воропаев Е.В., Осипкина О.В., Ковалев А.А. Уробиота и инфекции мочевыводящих путей при циррозе печени. Сибирский научный медицинский журнал. 2025;45(1):148-157. DOI: 10.18699/SSMJ20250116

7. Bajaj J.S., Reddy K.R., Tandon P., Garcia-Tsao G., Kamath P.S., O’Leary J.G. et al. Association of serum metabolites and gut microbiota at hospital admission with nosocomial infection development in patients with cirrhosis. Liver Transpl. 2022;28(12):1831–1840. DOI: 10.1002/lt.26552

8. Saenz C.N., Neugent M.L., De Nisco N.J. The Human Urinary Microbiome and Its Potential Role in Urinary Tract Infections. Eur. Urol. Focus. 2024;10(6):889–892. DOI: 10.1016/j.euf.2024.12.005

9. Worby C.J., Schreiber H.L.t., Straub T.J., van Dijk L.R., Bronson R.A., Olson B.S. et al. Longitudinal multi-omics analyses link gut microbiome dysbiosis with recurrent urinary tract infections in women. Nat. Microbiol. 2022;7:630–639. DOI: 10.1038/s41564-022-01107-x

10. Magruder M., Sholi A.N., Gong C., Zhang L., Edusei E., Huang J. et al. Gut uropathogen abundance is a risk factor for development of bacteriuria and urinary tract infection. Nat. Commun. 2019;10(1):5521. DOI: 10.1038/s41467-019-13467-w

11. Paalanne N., Husso A., Salo J., Pieviläinen O., Tejesvi M.V., Koivusaari P. et al. Intestinal microbiome as a risk factor for urinary tract infections in children. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2018;37:1881–1891. DOI: 10.1007/s10096-018-3322-7

12. Thänert R., Reske K.A., Hink T., Wallace M.A., Wang B., Schwartz D.J. et al. Comparative genomics of antibiotic-resistant uropathogens implicates three routes for recurrence of urinary tract infections. mBio. 2019;10(4):e01977-19. DOI: 10.1128/mBio.01977-19

13. Lingiah V.A., Pyrsopoulos N.T. Bacterial infections in cirrhotic patients in a tertiary care hospital. J. Clin. Transl. Hepatol. 2021;9(1):32–39. DOI: 10.14218/JCTH.2020.00076

14. Reuken P.A., Stallmach A., Bruns T. Mortality after urinary tract infections in patients with advanced cirrhosis – relevance of acute kidney injury and comorbidities. Liver Int. 2013;33(2):220–230. DOI: 10.1111/liv.12029

15. Nielsen K.L., Stegger M., Kiil K., Godfrey P.A., Feldgarden M., Lilje B., Andersen P.S., Frimodt-Møller N. Whole-genome Comparison of Urinary Pathogenic Escherichia coli and Faecal Isolates of UTI Patients and Healthy Controls. Int. J. Med. Microbiol. 2017;307(8):497–507. DOI: 10.1016/j.ijmm.2017.09.007

16. Dubourg G., Morand A., Mekhalif F., Godefroy R., Corthier A., Yacouba A. et al. Deciphering the urinary microbiota repertoire by culturomics reveals mostly anaerobic bacteria from the gut. Front. Microbiol. 2020;11:513305. DOI: 10.3389/fmicb.2020.513305

17. Tariq R., Pardi D.S., Tosh P.K., Walker R.C., Razonable R.R., Khanna S. Fecal microbiota transplantation for recurrent Clostridium diffi cile infection reduces recurrent urinary tract infection frequency. Clin. Infect. Dis. 2017;65(10):1745–1747. DOI: 10.1093/cid/cix618

18. Urakami C., Yamanouchi S., Kimata T., Tsuji S., Akagawa S., Kino J. et al. Abnormal Development of microbiota may be a risk factor for febrile urinary tract infection in infancy. Microorganisms. 2023;11(10):2574. DOI: 10.3390/microorganisms11102574

19. Maslennikov R., Ivashkin V., Efremova I., Alieva A., Kashuh E., Tsvetaeva E., Poluektova E., Shirokova E., Ivashkin K. Gut dysbiosis is associated with poorer long-term prognosis in cirrhosis. World J. Hepatol. 2021;13(5):557–570. DOI: 10.4254/wjh.v13.i5.557

20. Giannelli V., Di Gregorio V., Iebba V., Giusto M., Schippa S., Merli M., Thalheimer U. Microbiota and the gut-liver axis: bacterial trans location, infl ammation and infection in cirrhosis. World J. Gas troenterol. 2014;20:16795–16810. DOI: 10.3748/wjg.v20.i45.16795

21. Микробиота легких, кожи и урогенитального тракта. Н.А. Беляков, И.О. Стома, Е Г. Малаева, Т.Н. Трофимова. Биоценоз человека и госпитальная среда. Санкт-Петербург: Балтийский медицинский образовательный центр, 2023:36–64.

22. Ryan R.P., Monchy S., Cardinale M., Taghavi S., Crossman L., Avison M.B., Berg G., van der Lelie D., Dow J.M. The versatility and adaptation of bacteria from the genus Stenotrophomonas. Na.t Rev. Microbiol. 2009;7(7):514–25. DOI: 10.1038/nrmicro2163

23. Almas S., Carpenter R.E., Rowan C., Tamrakar V.K., Bishop J., Sharma R. Advantage of precision metagenomics for urinary tract infection diagnostics. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2023;13:1221289. DOI: 10.3389/fcimb.2023.1221289

24. Dalvi H., De Nisco N.J. The evolving world of the urinary microbiome. Curr. Opin. Urol. 2024;34(6):422–427. DOI: 10.1097/MOU.0000000000001222

25. Стуров Н.В., Попов С.В., Жуков В.А., Ляпунова Т.В. Коррекция дисбиоза кишечника у пациентов с инфекцией мочевых путей (обзор). Фармакология & фармакотерапия. 2022;3:24–27. DOI: 10.46393/27132129_2022_3_24

26. Magruder M., Edusei E., Zhang L., Albakry S., Satlin M.J., Westblade L.F. et al. Gut commensal microbiota and decreased risk for Enterobacteriaceae bacteriuria and urinary tract infection. Gut Microbes. 2020;12(1):1805281. DOI: 10.1080/19490976.2020.1805281

27. Moreland R.B., Brubaker L., Wolfe A.J. Polymicrobial urine cultures: reconciling contamination with the urobiome while recognizing the pathogens. Front. Cell. Infect. Microbiol. 2025;15:1562687. DOI: 10.3389/fcimb.2025.1562687